根据北美放射学会的信息（www.radiologyinfo.org），做1次全身PET-CT检查辐射量约为25毫西弗（mSv），普通人每年接受的天然辐射为3毫西弗（mSv），一次PET-CT检查相当于人在8年接受的自然辐射量总和。
对于疑似癌症的患者，PET诊断辐射的危害远远小于癌症带来的危害，所以接受PET检查总体获益是大于风险的。但是对于健康人群，接受PET-CT进行癌症筛查，是非常没有必要甚至是有害的。日本人因为历史原因（原子弹的辐射），可能是目前世界上最不怕辐射的民族，再加上经济因素的驱动，使用PET-CT进行癌症筛查比其他国家要多，很多中介机构也大肆鼓吹日本癌症体检筛查的好处，并且强调PETCT辐射不大，这都不足为信，接受PET-CT筛查癌症真的是得不偿失的。国内很多民营体检中心和一部分医院出于经济利益，也是拼命推广PET-CT筛查癌症，这点还是慎重考虑吧。
“这不是因为价格，而是因为风险。”荷兰癌症研究所核医学部专家柯尼里斯·霍夫纳格尔表示，“像日本那样的PET-CT体检，可能100个人里才检查出3个人。为了3个人而让其它97个人承担辐射风险，不值得。”当然这检查出来的3个人，使用其他更便宜更有效的癌症筛查手段，也是完全可以筛查出来的。
PET-CT可以诊断出1厘米以上的结节和肿块，但是CT可以诊断出毫米级别的结节，因此PET-CT筛查的效果也是很差的，辐射和高昂费用是另一个问题。